Ngày 27 tháng 12 năm 2006, Hiệu trưởng lúc đó là Phan Thị Tươi đã ký quyết định chọn mẫu biểu trưng chuẩn để sử dụng trong các hoạt động của trường và do đại học Kiến trúc thiết kế.[33][33]

Biểu trưng Đại học Bách khoa là một khối không gian 3 chiều. Tạo thành từ trung tâm là 1 hình lục giác đều nội tiếp vòng tròn. Cấu trúc theo kiến trúc của hình tổ ong (tổ ong được coi là một hình có kiến trúc đơn giản và khoa học). Tổ ong cũng có nghĩa là sự chăm chỉ, siêng năng, vững chắc và sáng tạo của Đại học Bách khoa. Các hình khối xung quanh tượng trưng cho các khoa của Bách khoa. Nhìn từng phần giống như là quyển sách. Màu sắc được hợp thành bởi 2 sắc độ của màu xanh, biểu thị cho sự trang nhã, lịch sự thanh bình.